Un documento fiscale spagnolo del 1531 descrive il paese come posto in posizione collinare ("sta situada sobra un collado"), circondato da mura e con un castello semicollabente ("tiene muros y una casa medio ruyna da liamada el Castillo"), per cui la posizione non era strategicamente munita ("no es fuerte"). Anche dal punto di vista demografico ed economico il paese non presentava una situazione favorevole per la povertà dell'agricoltura ("no es tierra muy fertile"), e dei 66 fuochi accatastati esistevano in realtà meno della metà, poiché, evidentemente, il paese aveva fortemente sofferto delle recenti vicende belliche legate all'invasione dei Francesi di Lautrech. Anche il patrimonio feudale era ormai abbastanza ridotto. In effetti, il signore non deteneva più riserva feudale, e senza derrate né canoni di fitto, la rendita del feudo era quindi molto limitata. Il "relevio" (tassa di successione) " del 1559 denunciò infatti appena 306 ducati, saliti a 400 nel 1609. La decadenza di Montaperto nell'età moderna emerge altresì dai dati demografici, che documentano un'assai modesta crescita della popolazione, segno sicuro, questo, di stagnazione economica. I "fuochi" passarono infatti dai 30 del 1446 ai 39 del 1669 ai 51 del 1732 (+70%); le anime, che erano 589 nel 1767, divennero 1.000 nel 1794, 690 nel 1816, 804 nel 1828 e 844 nel 1843 (+43,29%). Venduto ai Pisanelli, il feudo appartenne a questa famiglia sino al 1597, quando fu venduto per 13.700 ducati a Giovan Battista di Tocco, a cui Filippo III permise di permutare il titolo di conte di Montemiletto in quello di conte di Montaperto con diploma del 5 dicembre 1608.